生物医学工程学院实验教学中心目前建有7个专业实验室：硬件课程设计实验室、医学仪器实验室、医学信息系统实验室、生物医学传感与检测实验室、机械原理实验室、医学仪器检测实验室，虚拟仪器实验室。

建设有1个大学生创新设计实验室、1个工程制图模型实验室、1个常用电子元器件库。

与3个企业建立了联合实验室： NI医学仪器联合实验室、TI模拟电路/MSP430单片机联合实验室、ALTERA EDA/SOPC联合实验室。

实验室主要承担本科培养方案内各门专业课程的实验教学、课程设计、毕业设计、大学生电子设计竞赛培训等教学活动。其中大学生创新设计实验室、课程设计实验室面向全院学生全天候开放，用于大学生完成各类各级创新训练项目、从事各类各级课外学科知识竞赛等活动的开展。近5年来，实验室共承担国家级大学生创新项目12项、省级4项、校级56项；学生参加课外学科竞赛获国家级奖励 7 项 15 人次、省级20项 44人次，校级30项。